Animal Genome Institute

リモートワーク

Mon, 16 Jan 2023 16:07:32 -0800

２年近くブログをアップしてないのに気づきました。この間、大学のコアラボの方がブラック化（もともと黒め、ではあったんですが、それに磨きがかかりました笑）。働き方を見つめ直し、リモートでできる解析の仕事を探してあちこち応募しまくること１年半、かな？にしてやっと転職が叶いました！ブラックなのを大学も放置していたわけではなく改善策に努めてくれてたので、私が辞める頃にはとても優秀なスタッフ達をリクルートすることができ、惜しみながら惜しまれながら、でももう私は次に進みますということで円満退職した、つもりです。新しい仕事はリモートということで家からのんびり、自分のペースでできることがほとんどなので、今の所めちゃハッピーです！また、開発した商品が実際に患者さんやその周りの医療従事者さんたちの役に立っているところを見るというのはとても誇らしいことですね。もっと良い商品を作ろうと知恵を絞りあう過程も刺激的です。ということで、２０２３年は会社員２年目！会社も成長中、私も次なる飛躍をしたい！と思っています。

IBDをウンチから早期発見

Tue, 09 Mar 2021 07:50:09 -0800

という論文を発表しましたー！まだプレプリントの状態ですが、peer review journalの方も概ねOKなので間も無くアクセプトされると思います！

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.24.432648v1

これはIBD（炎症性腸疾患）を自然発症する遺伝子改変マウスを使った研究成果で、ウンチの中にあるエクソソームという小胞の中にあるマイクロRNAという遺伝物質が、症状の進んだマウスはもちろん、発症する最大６週間前のマウスでも異常が見られたというものです。この６週前、というのが重要で、これは人間だと数年に相当するでしょう。見た目に下痢したり体重が減ったりしてからではなく、無症状であるこの期間中にウンチの健康診断で炎症が検出されていれば、早めの治療そして病気の予防が可能かもしれない。私はこの結果を猫のIBDに応用しようと立ち上がりました！

というのも私、先代猫のバンバンがこの病気になり、飼い主としてこの病気と向き合い、苦悩した実体験があるのです。バンバンが発症したのは１２歳、それからあれこれ治療をしながら６年間生き抜いて２０１２年に天寿を全うしましたが、IBDの診断から治療はもう長い長い終わりのない闘いで。基本的に除外診断で「もうあれこれ調べ切ったけどどれにも該当しないから多分IBDね」と診断されるのが基本、それまでに費やした時間とお金は相当な額におよび、特に獣医嫌いなバンバンには採血やらエコーやらでの度重なる外来訪問は苦痛以外の何物でもありませんでした（先生はとーってもよくしてくださったんですけどね：単にバンバンの性格の問題、、、汗）。確定診断を得るにも内視鏡などでの組織採取が必要で、バンバンは年齢なども考慮しこのオプションは避けたのですが、麻酔も今や安心して受けられるようになったのでしょうしペット保険も充実して来たんでしょうけど、やはりあの小さい体に与える負担を考えると躊躇してしまう飼い主さんも多いと思います。

で、ウンチの出番なのです！

IBDは腸の病気で、その症状の一つが下痢です。バンバンも下痢がとにかくひどかった。ウンチは健康な頃から毎日猫トイレのものを拾って掃除します。このウンチを時々検査して腸の炎症状態をモニターできれば、獣医に行く手間も省けるし、たとえ猫さんは無症状でピンピンしていても、水面下で進行中の炎症を早期に検出できるかもしれない。

この研究を実行に移すために、私は自分の会社、非営利の研究所を作りました。

http://animalgenomeinstitute.org

地道に募金や自腹を切って費用を集めラボをセットアップ、バンバンの後継として迎えた猫、カップケーキ（２歳）のウンチを使って夜な夜な予備実験。上のマウス論文が出るのを待っていよいよ猫IBDのウンチバイオマーカー研究を始動させます！

アメリカ在住で、IBD（疑いも含む）猫さんを飼ってらっしゃる方、是非この研究にご協力いただけませんか？上のポスター＆下の宣伝ビデオにもある通り、

オンライン登録（メールでご連絡いただいたら登録フォームをお送りします）
ウンチ返信用封筒を送付させていただきます
１回分のウンチ（５センチぐらい？）を封筒にいれて送り返していただくだけ！

の簡単３ステップになっていますー。健康猫さんのウンチも研究には必要ですが、今の所お友達周りで十分数集まって来たので、当面はIBD（疑い含む）猫さんのウンチのみを募集しています。

ご検討＆拡散いただけますと嬉しいです！

どうぞよろしくお願いいたします。

宣伝ビデオにはバンバンにも登場してもらいました！会いたいなあ。。。

前回の記事のフォロー

Thu, 01 Aug 2019 12:40:28 -0700

授業始まり、原稿書き、プロモーションし、グラント取れ、新しいバイオインフォマティシャンやって来た！そして来週高知で講演します！

というタイトルで記事を書いてからもう1か月以上たちました。クイックに、それぞれをご紹介。

１．授業：ペンステート（ペンシルバニア州立大学）のWorld Campusというオンライン学習のコースがあるのですが、そこでBioinformatics Iってのを教えてます。バイオインフォの入門編で、シーケンシングやアラインメントの基本を学び、メジャーな解析手法をRとかGalaxyなどの簡単なツールで俯瞰する内容。他の先生（Istvan AlbertっていうBiostarを作った有名人）が秋と春に上級者向けコースをやって、この３つセットで修了証書を授与できる仕組みです。私の入門編は５月から８月まで、２週に１回ぐらいの授業を全て録画やCanvasというサイトを使ってやります。今年の生徒は１７人。あと一週間で終わるので、しばらくは生徒さんからの質問攻撃や採点などでアップアップです。一人が病気を理由に遅れて参加したけどどうなるか！

２．原稿書き：メディカルレビュー社さんのThe Lungs Perspectivesという雑誌で、「医学生物学における次世代シーケンサー利用に関する解説」というタイトルで、記事を書かせて頂きました！春号と夏号の二度にわたってお届けしてます。夏号はもうすぐしたら出るのかなー。私を推して下さった高知大医学部の本家先生、研究もお人柄もめちゃ素敵な先生です！

http://www.chnmsj.jp/kenkyuui_taikendan38.html

３．プロモーション：Assistant Professor（Facultyの一番下っ端）からAssociate Professor（真ん中）に格上げしてもらえました。私の場合まさに肩書だけで特に何が変わるわけでもないんですが、順当に上げてもらうというのはいろんな意味で大切と周りにも言われ、書類の山と格闘しました。

４．グラント：わずか１１歳で骨肉腫により亡くなった学生時代の友達の息子さんAくんと、その同志たちのために、骨肉腫ゲノムをやろうと意気込み、骨肉腫決起集会をAくんのおうちで開いたのは去年の６月、Aくんの四十九日がまだ終わる前でした。意気込みはすごい！とはいえ私自身骨肉腫の研究実績は何もないので、いろいろと政治活動を頑張り、内部グラントをゲットしました！３００万円なり。内部グラントは今まで正攻法？で出しては落ち出しては落ちを繰り返してきましたが、よほど立派なプレリミナリーデータでもない限りは、政治が大事なんだなーと思った次第です。姑息と言われてもいいから、初めの一歩！研究内容は、公開されている骨肉腫のゲノム解析をするというもので、３００万はほぼ人件費に使われます。

５．新しいバイオインフォマティシャンやってきた！：Mくんという秀才です。アメリカ生まれだけどアジア人でめちゃ寡黙なので、Skypeインタビューした際は「なんか暗い子だなー」とピンと来なかったのですが、昔のボスに探りを入れたら「すごいいい子だよ」とのことで決めました。実際来てみてすごくいい人材！確かに寡黙だけど、仕事きっちりやってくれて、Open...Read More

授業始まり、原稿書き、プロモーションし、グラント取れ、新しいバイオインフォマティシャンやって来た！そして来週高知で講演します！

Thu, 13 Jun 2019 22:08:26 -0700

いろいろ目まぐるしい春でしたが、基本良いニュースが続いてホクホクしています。娘との夏の日本行きを明日に控え、駆け込み仕事納品中、また落ち着いたらそれぞれ詳細をメモりますね。

急ぎ、来週６月２２日（土）オーテピア高知みらい科学館で講演します。昔お台場の科学みらい館で働いていた身としては脳内で混乱を極める名称ですが(笑)、イベントもいろいろあって楽しそうですね！土佐弁での？ゲノム談義、楽しみにしています！

https://otepia.kochi.jp/science/event.cgi?id=20190606180742kacv97

update 6/19/19:
明日２０日（木）には高知工科大でも講演させて頂くことになりました。ウェブサイトで要旨も見れますので、記念にリンク：
http://www.scsci.kochi-tech.ac.jp/frontier.html?id=a2019

理工学のフロンティア、というシリーズでの公演になります。

「学生がそして教員が、高知にいながらにして、サイエンス、テクノロジー、そして人文諸科学の世界の最前線を、その最前線を開拓している第一線の研究者本人から聴くための、学群コロキウム「理工学のフロンティア」。豪華な講師陣が、直接、語りかけます。」

ユニークな講師陣で知的好奇心をくすぐられます！あー私も学生に戻りたくなるー！

あれから4週間でどこまで終わったか

Wed, 27 Mar 2019 12:11:58 -0700

３月初めにぼやき的にToDoListを書き記しましたが、どこまで終わったかをフォローアップします！
Ｃｏ－ＰＩに入れてもらったグラントの書類の用意（これは緊急案件）➞さすがに終了。PIにRNAseqのVolcano plotをFancyにしてくれないかと頼まれ、虹色でかつ彼の好きな遺伝子をハイライトして、派手派手Figureを納品！グラント通るといいなー。
Ｗｅｔ　Ｌａｂのスタッフの仕事をチェック（これはもう終わった）
進行中＋新しく入ったＮＧＳ解析依頼を進める（新しく雇うバイオインフォマティシャンにはここを担当してもらいますよ）
（１）Virus WGS de novo assembly（夏からの懸案、、、ＮＧＳのショートリードでアッセンブリーしようとしてますが反復配列があるらしくてそこがうまくアッセンブルできない可能性あり、その場合はＭｉｎＩＯＮでのロングリードをかませる予定）➞結果を納品したけど返事がないので、、、放置:)
（２）ヒト、馬、牛のＷＧＳ（ヒトはＣａｎｃｅｒ　Ｐａｎｅｌの解析も同時進行で）➞馬と牛は納品し、クライエントが解釈するのを手伝ってるところ。ヒトは後回しにしてたので今日にでも再開せんとなー。
（３）ＣｈＩＰ－ｓｅｑ解析➞納品。返事が昨日来たので対応せんとなー。
（４）ガンのＸｅｎｏｇｒａｆｔモデルのRNAseq。一つのサンプル中にヒトとマウスのリードが混ざっているのですが、ここからヒト、マウスの遺伝子発現を別々に解析➞納品。プロジェクト完了。
（５）（普通の）RNAseq➞４－５件納品
（６）ベータテスト中のmRNAseqとmicroRNAseqを同時にできる「Combo-seq」のシーケンシングが終わったので、そのデータ解析➞昨日やっと終わった。トリミングとかアライメントをあれこれ手直しして、現時点でベストのパイプラインができたと思う。これから両者のReproducibilityをチェック（これがうまいこと出たら小さい論文でも書けるんじゃないかと目論見中）。
（７）メタゲノム（ショットガンWGS）解析➞３月３１日まででいいと言われたので、まだ放置中。明日には見に行こう。
（８）Methyl-seqからのDMR (differentially methylated region)解析：論文Revise用データ➞秋に辞めたティシャンさんからのデータ引継ぎが中途半端だったので、中間データを探すのに一苦労。やっと揃ったので今日明日にでもDMR解析。
（９）冬にやったNAT(NGS Analysis Training)ワークショップの最後の採点とCertificate作成➞これ全然やってない。いかん！金曜日にやろう。４月にはこのネタでポスター発表もあるし。
（１０）夏にあるオンラインでのバイオインフォマティクス授業の準備（５月までに納品）➞これも全然やってない。いかん！金曜日にやろう。
（１１）学生さんと進めてる論文の直しとデータ作成の指導➞マシーンラーニングを少しいじりました。学生さんに投げて、帰って来たら添削して投稿。いつになるかなー。
こんなとこかなー。これらが一段落着いたらWet Labでやらないといけないこともあるんだけど、いつできるかなあ。。。Read More

私は一日何をしているか

Fri, 01 Mar 2019 11:09:32 -0800

金曜の午後。仕事がどどーっと舞い込んで、ちょっとまとめてからにしないと気絶してしまいそうなので、ここにＴｏ　Ｄｏ　Ｌｉｓｔ書き記してみます。

Ｃｏ－ＰＩに入れてもらったグラントの書類の用意（これは緊急案件）
Ｗｅｔ　Ｌａｂのスタッフの仕事をチェック（これはもう終わった）
進行中＋新しく入ったＮＧＳ解析依頼を進める（新しく雇うバイオインフォマティシャンにはここを担当してもらいますよ）
（１）Virus WGS de novo assembly（夏からの懸案、、、ＮＧＳのショートリードでアッセンブリーしようとしてますが反復配列があるらしくてそこがうまくアッセンブルできない可能性あり、その場合はＭｉｎＩＯＮでのロングリードをかませる予定）
（２）ヒト、馬、牛のＷＧＳ（ヒトはＣａｎｃｅｒ　Ｐａｎｅｌの解析も同時進行で）
（３）ＣｈＩＰ－ｓｅｑ解析
（４）ガンのＸｅｎｏｇｒａｆｔモデルのRNAseq。一つのサンプル中にヒトとマウスのリードが混ざっているのですが、ここからヒト、マウスの遺伝子発現を別々に解析
（５）（普通の）RNAseq
（６）ベータテスト中のmRNAseqとmicroRNAseqを同時にできる「Combo-seq」のシーケンシングが終わったので、そのデータ解析
（７）メタゲノム（ショットガンWGS）解析
（８）Methyl-seqからのDMR (differentially methylated region)解析：論文Revise用データ
（９）冬にやったNAT(NGS Analysis Training)ワークショップの最後の採点とCertificate作成
（１０）夏にあるオンラインでのバイオインフォマティクス授業の準備（５月までに納品）
（１１）学生さんと進めてる論文の直しとデータ作成の指導
こんなとこかなー。これらが一段落着いたらWet Labでやらないといけないこともあるんだけど、いつできるかなあ。。。

なんてぼやいてたらグラントの件急いでくれって電話が来ました。バイオインフォマティシャン早く来て欲しい！来週から候補者のインタビュー始まります！

バイオインフォマティシャン

Mon, 25 Feb 2019 11:09:11 -0800

バイオインフォマティシャンという職種を聞いたことがありますか？Computer Biologistとほぼ同義と思いますが、うちのコアにはなくてはならない人材です。言葉を何でも短縮したがる私の知り合いは「ティシャン」と呼んでて私もこの呼び方気に入ってるので、ここでもティシャンで通してみるテスト。

で、ティシャンさんは何をするかというと、NGSやマイクロアレイの膨大なデータを正規化やら統計処理、図表化したりというのが主な仕事内容で、一時期ほどの勢いはなくなりましたが、それでも今も人気の、イコール、いい人は争奪戦になりかつ雇われる側としてはよりどりみどりでお給料も良い「おいしい」職種と言えると思います。Data Scientistという、Biologyに限らずあらゆる形態のデータを大量に扱いシミュレーションなどする形態の職種（これも私のざっくりとした解釈ですが）が出てきてからは一時期の勢いはなくなりましたが、今でもうちの大学では、学位としては修士卒のティシャンが准教授クラスのPhDよりも高いお給料をもらったりする事実は歴然としてありますので、今の若い学生さんにもお勧めしたい職種ですよ。

お金だけでなくティシャンの魅力は他にもあります。バイオロジーというのはとかくブラックボックスな部分がありまして、実験室でやることは９割方再現不能（ビギナーズラック？）だったりすることも万々あります。物理的拘束時間も長くなることがあり、場合によっては実験動物の命を犠牲にしないといけなかったり、危険な試薬に身をさらさないといけないこともありますが、ティシャンは全て仕事はコンピューター内で行います。国費で解析されたデータは皆で共有するという決まりになっている関係上、実験室で生み出されたデータは一旦論文になってしまえば誰でもアクセスできるように整備されて来ました。ひと昔はデータの質がひどいものもゴロゴロしてたんですけど、その辺の品質管理もしっかりして来たので、まさに今は、そしてこれからも、ティシャンによるデータ解析業務は、多くの需要とうま味と、バイオロジー全般に及ぼす膨大なインパクトをもって栄え続けることと思います。

もったいぶりましたが、今日の結論は、ずばり

「私のコアでティシャン募集しています。是非応募して下さい！」

ということでした。日本からでも大歓迎です！

この4年を振り返る

Sun, 09 Dec 2018 09:20:42 -0800

今アソシエートプロフェッサーに上げてもらうプロモーションにかけてもらってます。いろいろ書類を出さないといけないのですが、その過程でこんなの作ったので、自分へのご褒美的記念に載せておきます。

この４年で収入３倍以上（今年度はミリオン越え行けると見込んでます！）、ユーザー数は２倍以上、論文（著者に入っているもの）も３倍近くになりました。２０１８年の論文は今月に３－４報出る予定で（うち一つは久々の筆頭著者です！）全部で１７－１８報。これ全部、スタッフ増員なしでやったというのが一番の自慢です！(笑)　いや、自慢じゃなくて、増員できなかった政治力のなさを恥じるべきなのでしょうけど。。。(;'∀')

今年はついにスタッフが一人増えたので、増えた分の効果をどう数字に残していくかが課題です！目標にしているのは、納期の短縮、グラント（自分のも含めて）への貢献の増加、コレスポ論文の増加。新しい分野としてはロングリードをもっと普及させたいってとこですかねー。自分の研究分野では、猫ウンチ、骨肉腫を鋭意進行中！

ではでは、皆さま、よいお年をお迎えください。。。

大学に宣伝してもらいました

Sun, 09 Dec 2018 08:02:43 -0800

少し古いですが、、、マーケティングの人が「取材させて下さい」と来たので、当時私は日本にいたのですが、ちまちまと宣伝文句を書いてやりとりして進めました。大学上層部にコアの運営についていろいろ文句言っていたので、機嫌をとってくれようとしたのかな？などと深読みしつつ。記念にこちらにも上げておきます！

https://pennstatehealthnews.org/topics/genome-sciences-facility/

Genome Sciences Facility offers services, education opportunities to investigators

The full-service Penn State College of Medicine Genome Sciences Facility provides consultation, instrumentation and services to both Penn State and non-Penn State investigators in genomic, epigenomic and transcriptomic studies.

May 29, 2018Penn State College of Medicine News

The variety of instrumentation allows for capabilities ranging from highly focused analysis of candidate SNPs and mRNAs to whole genome, exome, epigenome and transcriptome sequencing. Services are also available for a variety of study designs extending from a few laboratory samples to large clinical projects involving hundreds or thousands of samples. The full bioinformatics service is also available for data analysis.

Under the direction of Yuka Imamura, PhD, the Genome Sciences Facility also offers two educational opportunities, through free workshops and paid personal training.

There is a growing need for biomedical researchers to obtain skills in big data. Generally, basic science and clinical researchers either order services from specialists or hire bioinformatics personnel to work in big data genomics. Both bring a significant expense and often do not meet researchers' needs, as there can be a fundamental conceptual gap between biologists and bioinformaticians. The Genome Sciences Facility attempts to fill this gap by providing education to any level of biomedical researcher.

Instrumentation in the Genome Sciences Facility

Nucleic acid processing and...Read More

一段落？そして新たな挑戦！

Sun, 14 Oct 2018 20:54:52 -0700

前回から大分開いてしまいました。この間に私のこれからの研究人生を変えそうな一大事がありました。それは、、、友達のお子さんが骨肉腫で亡くなったこと。前回のアップデートから間もなく闘病中との連絡をもらい、なすすべもなく５月に天に召されてしまいました。闘病期間たったの半年。主治医の先生も経験したことのないスピードで進行したようです。ゲノミクスでできることはなかったか、FoundationOneの固形ガンのNGSパネルはどこかにいけば検査してもらえたんじゃないか、あるいはゲノミクスで早期発見、治療法の選択肢を広げたりできなかったか、それが多少でも予後の改善につながり、地上での大好きな家族友達との時間を一日でも長くできたんじゃないかと、悔しい思いでいっぱいです。

政治を頑張った甲斐あり、コアの方のスタッフは２人補充され、念願の「私利私欲」に費やす時間が取れてきたので、今後の私の研究の柱の一つとして、骨肉腫（あるいはあらゆるガン）ゲノム、を加えられたらと思っています。

当面のブックマーク論文：

https://www.nature.com/articles/nature25480

https://www.nature.com/articles/nature25795

応援している団体：

https://becauseofdaniel.org/theresa-beech-research/

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IBDをウンチから早期発見

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授業始まり、原稿書き、プロモーションし、グラント取れ、新しいバイオインフォマティシャンやって来た！そして来週高知で講演します！

いろいろ目まぐるしい春でしたが、基本良いニュースが続いてホクホクしています。娘との夏の日本行きを明日に控え、駆け込み仕事納品中、また落ち着いたらそれぞれ詳細をメモりますね。

https://otepia.kochi.jp/science/event.cgi?id=20190606180742kacv97

あれから4週間でどこまで終わったか

私は一日何をしているか

金曜の午後。仕事がどどーっと舞い込んで、ちょっとまとめてからにしないと気絶してしまいそうなので、ここにＴｏ Ｄｏ Ｌｉｓｔ書き記してみます。

バイオインフォマティシャン

この4年を振り返る

大学に宣伝してもらいました

一段落？そして新たな挑戦！

金曜の午後。仕事がどどーっと舞い込んで、ちょっとまとめてからにしないと気絶してしまいそうなので、ここにＴｏ　Ｄｏ　Ｌｉｓｔ書き記してみます。