構想半年、やっとこさ第一回のNGS解析実習の開催にこぎつけました！IT departmentの協力で、教育用サーバーにVirtual Machine (VM) スペースを作り、実習生１５名分登録、必要なソフトもインストール。実習に使うFastqやreference geomeをアップロードしたりして、なんとか開催に間に合ったという感じでした！ふー！
実習に使ったメディアセンターは全部で１６台ウィンドウズマシンがあります。私はマカーですが、大学のシステムはウィンドウズを基本にしており、MobaXtermをダウンロード、起動して、VMにログインして作業を進めるという形に。もちろん自分のラップトップを持ってきて同じことをしてもらっても構いません。パスワードが分からずにログインできなかった方が２人いましたが、想定範囲内の問題（汗）。初回は頻用Unixコマンドを紹介して、実際Fastqの中身を見たり、screenコマンドでjobをbackgroundで走らせるというところまでやりました。１時間の実習でできることは限らているので、毎週限られた時間ですがチャットルームを開き、そこで細かい質問など受け付ける予定。２回目はRNA-seqのアラインメントからdifferential gene expressionの辺りまで行ければと思ってます！
実習室の様子
実習内容：予定
